短所
* 渋滞に弱い・渋滞の原因になる
o 渋滞に巻き込まれると、バスに遅延が生じる。また、バス停に停車するバスが原因で渋滞を起こしてしまうこともある。
o 福岡市や北九州市のように、バスの台数が極端に多く、また運転系統が市中心部に集中しているため「バスが渋滞を引き起こす」原因になっている例もある。
* 大量輸送が困難
バス1台あたりの乗車定員数が、連節車両であっても通勤形電車1編成あたり（2両以上）の乗車定員数より少なくなる。また、鉄道の場合は運転士を増やすことなく編成あたり両数を増やすことができ、大量輸送が可能。バスの場合はバス1台ごとに運転士1人が必要になるため、人件費などで不利。
* 鉄道に対する高速化の限界
o 上記渋滞により、専用軌道走行あるいは交通規制で優先される路面電車・LRTに比べ、路線バスの速度が遅くなってしまう。
o 在来線が高速化することによって、路線バスの方が速度が遅くなってしまう。
o 高速道路での法定速度は100km/hなので、100km/hを越えて走行できる列車や高速鉄道には対抗できない。
* 環境問題（大気汚染や酸性雨・地球温暖化）
o バスも、自動車の一種で排気ガスを大気中へ出すため、この問題は避けて通れない。だが、ハイブリッドバスや天然ガスを使ったバス（過去には、東京都交通局や知多乗合において燃料電池バスの試験運行を行った）が多くなっており、こういったバスを導入することで排気ガス排出を減少させる取組みがなされている。
* 交通事故の増加
o バスの交通事故が多発している。バスが使用する道路は一般的に混合交通であり、他の車の無謀運転や歩行者等の飛び出しなどによる、事故は避けきれない。これに加え、劣悪な労働条件あるいはバスサービスの供給過剰(競争激化)により、公共交通のバスでも無謀運転に走ってしまう場合が増えているためである。
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